Мазепа был убежден, что неприятели, благодаря взятым мерам, не посмеют делать нападений на малороссийские города. Запорожцы же одни без татар не казались страшными для гетмана: он был уверен, что если бы они и захотели внести между малороссийским народом мятеж, то не могли бы найти сочувствия себе. К тому же гетман отдал всем полковникам крепкий приказ никого из городов в Запорожье ни с борошном, ни с чем другим, ни порожним для рыбной ловли не пропускать; а если бы кто пожелал идти для рыбных ловель в реку Буг, или в речки полевые, или в озера «на сей стороне Днепра, которые повыше Сечи суть», то таковой должен давать за себя поруку, что он с той рыбной добычей возвратится без замедления назад и ни на какой своевольный путь не пойдет. Гетман взял все меры и относительно запорожских посланцев, которые находились под Немировом, в обратном пути, чтобы их «перенять и в свои руки загрести»: он поставил «бдительного и неленивого, в верности известного человека» полкового конного есаула Ивана Рубана с отрядом в несколько сот человек доброго товариства на правой стороне Днепра меж Черным лесом и Чигирином, куда послам лежал обратный путь. Есаулу Рубану гетман отдал строжайший приказ «неусыпное око» над ними иметь, всякими способами радеть, чтобы их в Батурин привести, за что гетман от имени великих государей самому есаулу Рубану и его наследникам обещал великую милость оказать и награждение дать.
Московское правительство, похваляя гетмана за его распоряжение и деятельность во время прихода на Чигиринскую сторону татар, имело, однако, главную мысль о том, чтобы так или иначе вновь запорожское войско на свою сторону склонить.
Но случившиеся в то время обстоятельства не только не благоприятствовали такому стремлению московского правительства; напротив того, сильно взволновали запорожское войско и поддержали в нем враждебное настроение против Москвы, в особенности же против гетмана Мазепы. Названные выше запорожские посланцы Иван Каплинец да Максим, казак Сергиевского куреня, заявили жалобу севскому воеводе Ивану Юрьевичу Неплюеву и гетману Мазепе о пограблении у них возле Севска разных вещей из их личного скарба и об убиении двух их товарищей, есаула Степана Рудого да казака Леска, из которых первый умер немедленно, а второй немного спустя, февраля 22-го дня в Батурине, за Путивльскими воротами, на рогу. Следствие по убийству тянулось с февраля месяца до июня, и по розыску дела оказалось, что убийцами запорожцев были сиповщики Фома Никифоров, Андрей Учуй, Михайло Дубовый да Данило Гордеев с товарищами, всех девять человек. Они напали на двух названных запорожских казаков и одному из них в трех местах голову пробили, а другого до полусмерти прибили, а платья, сняв с них, в навоз против войсковых изб спрятали. По этому поводу из Москвы пришел приказ сперва пытать порознь каждого из убийц, находившихся под караулом в Батурине, а потом казнить их смертью, если они сделали такое злодеяние по умыслу; «буде же совершили его пьянским обычаем», оставить в живых, но подвергнуть пытке и допросу и потом подвергнуть наказанию. Гетман Мазепа нашел, что убийцы совершили «свое дело» в пьяном виде, и потому, не подвергая их пытке, одних из них велел сослать на вечное житье на Самару, других в Переяслав. Но первые, вследствие морового поветрия, открывшегося в то время в Запорожье, оставлены были в Батурине на неопределенное время и только вторые отправлены были с женами и детьми на место ссылки.
И разбойство русских, и самое решение по этому поводу со стороны гетмана вызвало у запорожцев большое негодование и поддержало враждебное настроение против Москвы.
В это же время произошло и другое обстоятельство, сделавшее немалое волнение между запорожцами. В конце апреля месяца в Запорожье открылось моровое поветрие, не прекращавшееся в течение всего лета. От того поветрия в Новобогородицкой крепости поумирало много московских ратных людей, в том числе и сам воевода крепости Алексей Иванович Ржевский с сыном. Соседний с Новобогородицким городом, Новосергиев, или Вольное, весь вымер и навсегда остался в запустении. От Самары моровое поветрие спустилось ниже и коснулось самой Сечи.
Гетман Мазепа узнал о моровом поветрии, открывшемся в Запорожье, от своего дозорцы Ивана Рутковского, которого известил о том мая 10-го числа 1690 года Китайгородский сотник Семен Ревенко.
Вслед за моровым поветрием появилась в августе месяце в Запорожье саранча. Страшная масса ее заслонила солнце, помрачила небо, наполнила воздух невыразимым смрадом и задушила своим зловонием множество лошадей, волов и коров.
Узнав об открывшейся в Запорожье моровой язве, гетман Мазепа поспешил сообщить о том в Москву. Он писал, что многие из реймента гетманского люди, ужаснувшись моровой язвы, «повтикали» из Новобогородицкой крепости в разные стороны. Многие из великороссийских ратных людей также бежали из города; они «тулялись» по степям, по байракам, по лугам и по островам днепровскими в тех разных местах одни поумирали, другие, хотя и остались живы, скрывались друг от друга. Тела умерших оставались долго в тех «пустых» местах и наводили великий страх на живых людей. Ввиду такого страха гетман, желая прежде всего сохранить царскую казну в городе Новобогородицке, приказал послать в дикие поля возле города тысячу человек казаков Полтавского полка и на смену его столько же казаков Миргородского полка. Но казаки тех полков, не раз бывавшие в бою с неприятелем, не решались идти на явную смерть в Новобогородицк. Тогда Мазепа распорядился послать за реку Орель самого полтавского полковника Федора Жученка. Федор Жученко повиновался воле гетмана, но скоро донес ему, что половина злосчастного города сделалась добычей страшного пожара, и потому спрашивал, как поступить ему с уцелевшим в нем имуществом. Гетман велел полковнику наблюдать город от окончательного со стороны неприятелей разорения, а самим полчанам предписал отнюдь не брать никаких вещей умерших от моровой язвы людей – ни одежды, ни денег, которые бы нашлись в диких полях и байраках; людей «поветренных» к себе не пускать, рыбы у запорожских промышленников не покупать.