Июля 1-го числа к Переволочне прибыл сам царь и тот же час выслал отряд русских войск под начальством князя Григория Волконского за Днепр для преследования Карла и Мазепы.
Того же числа, в полдень, предложенные шведам условия капитуляции были приняты ими и немедленно сделались известны по всему стану. Оставшиеся при шведах запорожские казаки, предугадывая свою судьбу, решили лучше утопиться в Днепре, нежели отдаться русским на месть. Бросаясь массами в Днепр в надежде его переплыть, запорожцы не все могли справиться с течением волн и большей частью потонули в реке. Впрочем, из них все-таки некоторое число успело переплыть Днепр и спастись от преследования русских войск. Но те из казаков, которые или не успели броситься в реку, или не решились сделать этого, были захвачены русскими в плен и подверглись жестоким казням по приказанию царя. Царь, страшно раздраженный на запорожских казаков, выдумывал самые изысканные казни для них: одних из запорожцев он велел колесовать; других, одевшихся в шведские мундиры и потому в первое время вместе со шведами получивших жизнь, приказывал немилосердно штыками исколоть третьих велел в железа оковать и в дальние места Сибири отослать. Пощажено было несколько простых казаков, которые сами явились с повинной к царю. Таких собралось к июлю 7-му числу до 15 000 человек. Томимые голодом, мучимые страхом, долго скрывавшиеся после полтавской победы по разным трущобам и лесам, они явились к Петру в день торжества его над побежденным врагом и отдали себя на волю царя. Царь, тронутый бедственным положением несчастных, простил их вину и удовольствовался только тем, что лишил их козацкого звания и приказал разместить по разным малороссийским селам и деревням.
Такая же печальная участь постигла и тех запорожцев, которые захвачены были полковниками Яковлевым и Галаганом в самой Сечи: из них десятого приказано было казнить, а прочих в каторжные работы в Сибирь сослать. В это же время казнены были десятый из 24 человек казаков, пытавшихся сделать набег на город Кременчуг, но пойманных Даниилом Апостолом, полковником Миргородского полка. Потом и оставленные в живых из этих 24 человек также не были пощажены и по приказу графа Головина «на страх иным изменникам» отданы были на казнь, причем из всех способов казни выбирался жесточайший – сажание человека на кол. Впрочем, несмотря на все ужасы, которым подвергались запорожцы, даже между ушедшими с Мазепой и Гордиенком в пределы Турции находились охотники возвратиться на Украину. Таков был сын переяславского полковника Федор Мирович, который просил прощения за свою вину и объявил желание вместе с некоторым числом бывших при нем запорожских казаков перейти к царю, но с условием, если все они будут оставлены целыми и невредимыми в своем здоровье и имуществе. Однако, такой переход почему-то не состоялся.
Тем временем те из запорожских казаков, которые успели уйти с Карлом за Днепр, не переставали оказывать услуги как ему самому, так и его солдатам. Особенно они оказались необходимы шведам в той мертвой пустыне, которая начиналась от правого берега Днепра и шла до левого берега Буга и известна была у людей тех времен под именем диких полей. Шведы во время своего бегства должны были держаться наименее проходимых мест, чтобы не быть открытыми от преследовавшей их русской погони, и в этом случае, без руководства запорожцев, могли бы погибнуть в степи, как в песчаной Сахаре бедуины без «лаучей». Во время движения по диким полям шведов к ним постепенно прибывали казаки, которые успели переправиться в разных местах через Днепр и убежать от русских в степь. Переправившись через Днепр, беглецы взяли сперва направление прямо к западу, на теперешнее селение Шведское при речке Омельник, и Хорошево, при речке того же имени, и на город Александрию; потом, перейдя через вершину Ингульца, повернули на юго-запад по водоразделу между Ингульцом и Ингулом и так, постепенно уклоняясь от Ингульца к Ингулу, двигались до нижнего течения Буга (на теперешние селения – Швединовку, в 40 верстах от Александрии, другую Швединовку, в 21 версте от первой, Решетиловку, Полтавку и Пески). На 25 верст ниже устья Ингула, у теперешней д. Федоровки (Святотроицкого), беглецы остановились лагерем и потом приблизились к самому Бугу. У Буга запорожцы показали шведам хороший пресной воды колодец и поставили над ним караул, не позволяя мутить в нем воду, чтобы сохранить ее в чистом виде для короля. Июля 7-го числа шведы стали переправляться через реку Буг с песчаного мыса Русской косы, у левого берега реки, на песчаный мыс, Волошскую косу, на правом берегу. Вместе со шведами прискакали к реге Бугу запорожцы и июля 7-го дня стали переправляться с левого на правый берег ее, но, не успев в полном числе переплыть реку, как были настигнуты князем Григорием Волконским с полком солдат и спаслись бегством в какое-то укромное место в степи. Достигнув города Очакова, запорожцы разделились на две части, и одна часть из них была отпущена королем и возвратилась восвояси, другая последовала за ним до Бендер. Сколько было всех запорожцев при короле Карле, неизвестно; полагают, однако, что число их доходило если не до четырех, то до трех тысяч человек.
После удаления из Малороссии шведов и после предания Мазепы анафеме новый гетман Иван Ильич Скоропадский июля 17-го числа подал на утверждение государя девять статей, на основании которых Малороссия входила в состав Великой России. В седьмой из этих девяти статей говорилось и о запорожцах: «Хотя и хорошо то, что проклятые запорожцы через измену утратили Сечь; но малороссияне пользовались оттуда солью, рыбою и зверями; поэтому просим, чтоб позволено было нам ездить туда за добычею и чтоб ни каменнозатонский воевода, ни гарнизон не делали промышленникам обид и препятствий».