Но царь Петр Алексеевич, желавший воспретить всякие сношения малороссиян с запорожцами, на такую статью дал отрицательный ответ: «На сей счет будет сделано последнее определение после, а теперь того позволить невозможно, потому что под этим предлогом бунтовщики запорожцы могут возгнездиться на прежних местах и устроить бунтовские собрания».
В начале 1710 года последовало утверждение пунктов, на основании которых гетман Скоропадский принят был под высокодержавную руку государя, причем объявлено было, что для предотвращения на будущее время измены со стороны гетмана поставлялся подле него особый из великороссиян чиновник, как бы изображавший собой очи и уши государя. Таким чиновником был на тот раз царский стольник и суздальский наместник Андрей Измайлов. Измайлову приказано было управлять совместно с гетманом делами Малороссии; по случаю же бывшего возмущения в малороссийском крае и бунта в запорожском войске велено было ему «вооруженною рукой препятствовать селиться запорожцам вновь в Сечи или в другом каком либо месте».
Между тем запорожское войско после разгрома Чертомлыкской Сечи, руководимое своим атаманом Якимом Богушем, поспешно сложивши свое добро и уцелевшее оружие на дубы, скрытыми ериками, заточинами, речками и ветками ушло вниз по Днепру в турецкие земли, где поселилось Сечь при урочище Алешках и Кардашинском лимане. В урочище Алешках запорожцы прожили 19 лет и оттуда вернулись снова на речку Чортомлык, где просидели два года. С Чортомлыка казаки опять спустились вниз и тогда сели Сечь на устье речки Каменки, впадающей в Днепр, откуда потом, уже в 1734 году, вернулись в пределы России и поселились на ветке Подпильной в пяти верстах ниже старой на Чортомлыке Сечи.
Так говорит об этом подлинная записка кошевого атамана Ивана Малашевича, составленная в 1734 году, то есть 25 лет спустя после совершившегося события, написанная с целью передать это сведение «на потомную память поколению» и запечатанная подлинной войсковой печатью.
Предание говорит, что, оставляя Сичу, запорожцы всего более сожалели о своей Святого Покрова сечевой церкви: «Все мы хорошо, панове, сделали, все недурно зробили, но одно не хорошо учинили, что церковь свою покинули. Но что ж теперь делать? Пусть ее хранит божья матерь! И божья мать сохранила ее: москали к ней, а она от них; они к ней, а она от них… Да так ходила-ходила, а потом перед самыми глазами их и пошла в землю: вся как есть, с колокольней, крестом, так и пирнула, – одна яма от нея лишь осталась».
Но в Алешки удалилась только малая часть запорожцев; большинство же их бежало вместе с королем Карлом и гетманом Мазепой от Днепра через западные границы бывших запорожских вольностей, достигло города Очакова и оттуда удалилось в турецкий город Бендеры.
В 1710 году, апреля 5-го дня, уже после смерти Мазепы, под городом Бендерами, в присутствии кошевого атамана Константина Гордиенка, генерального малороссийского писаря Филиппа Орлика и послов от запорожского войска «у Днепра зостоючого», состоялась большая козацкая рада. На той раде запорожские и малороссийские казаки признали высшим протектором всего козацкого войска шведского короля Карла XII, а генерального писаря при бывшем гетмане Мазепе Филиппа Орлика объявили гетманом всей Малороссии. При избрании нового гетмана запорожцы заключили с ним условия, касавшиеся дальнейшей судьбы Малороссии и Запорожья. Хотя условия этого договора между запорожцами и малороссийским гетманом и не были потом приведены в исполнение, хотя уже во время составления их некоторые не верили в возможность полного осуществления заключаемых условий, но при всем том эти постановления должны иметь в глазах всякого южнорусского историка значение особенной важности. Дело в том, что в них запорожцы подробно и вполне отчетливо изложили все те требования, которые были у них всегда на уме и которые они предъявляли по частям и в разное время всем гетманам со времени Виговского и всем царям со времени царя Алексея Михайловича. В них изложен был полностью весь идеал политических стремлений, который передовые люди из запорожского войска хотели видеть осуществленным в Малороссии и заодно с ней в Запорожье. Эти условия разбиты на 16 пунктов и состоят в следующем.
«1. Поневаж межи тремя добродетельми богословскими вера первенствует, теды в первом сем пункте о вери святой православной восточного исповедания дело надлежит, начати, которою, яко раз народ валенный козацкий, за владения еще каганов козарских в столице апостольской константинопольской просвещенный зостал, так и теперь непорушимо в оной триваючи, жадным иноверием никогда не колебался. И не тайно есть, же славной памяти гетман Богдан Хмельницький з войском запорожским, ни за что иншое, опрочь прав и вольностей войсковых, унялся и праведную против Речи Посполитой польской воздвыгнул войну, тилко, во-первых, за веру святую православную, якая розними тяжестями насильствована была от власти польской до унии з костелом римским, а по искоренении иноверия з отчизны нашой, не для чого иншого з тым же войском запорожским и народом малороссийским в протекцию государства московского удался, и доброволне поддался, тылко для самого единоверия православного. За чим теперешний новообранный гетман, когда Господь Бог, крепкий и сильный в бранех, пособит щастливым оружием наяснейшого короля, его милости шведского, свободити отчизну нашу. Малую Россию, от невольничого ярма московского, меет и повинен будет, во первых, старатися и крепко застановлятися, абы жадное иноверие в Малую Россию, отчизну нашу, ни от кого не было впроважено, которое если бы где, чи то тайно, чили явне, могло показатися, теды, владгою своею, должен будет оное искореняти, проповедатися и разширятися оному не допускати, иноверцем сожития на Украине, а найбарзей зловерию жидовскому, не позволити, и на тое все старанья ложити, жебы едина вера православная восточного исповедания, под послушенством святейшего апостольского фрону константинопольского, вечне утвержена была, и з помноженьем хвалы [б]ожой, церквей святых, а з цвеченьем в науках визволионых синов малороссийских, разширялася, и яко крин в тернии, межи окрестными иноверными панствами, процветала. Для большой зась поваги первоначального в Малой России престола митрополитанского Киевского и для знатнейшого дел духовных управления, меет той же ясновельможный гетман, за высвобожденьим отчизны от ига московского, справити у столице апостольской константинопольской, екзаршескую первобытную власть, чтоб через тое обновилася реляция и послушенство синовское до помянутого апостольского константинопольского фрону, от которого проповедию евангельскою в вери святой кафолической просвещена и змоцнена быти удостоилася.